Avis d’appel à candidature pour la Thèse de doctorat en microbiologie moléculaire des interactions plantes-bactéries, Paris, France
Présentation INRAE
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Environnement de travail, missions et activités
Le sujet de thèse entre dans le cadre d’un projet récemment financé par l’ANR (LIFEPATH, 2023-2026). L’objectif du projet de thèse sera de rechercher les fonctions nécessaires à l’adaptation de la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum souche GMI1000 à différents environnements plantes et à différents modes de vie. Dans un premier temps, vous identifierez les fonctions endogènes de la bactérie qui ont été recrutées pour lui permettre de s’adapter aux premières étapes de l’interaction symbiotique avec la légumineuse Mimosa pudica. Des analyses de transcriptomes et des profils métaboliques des souches évoluées seront réalisées et couplées à de la génétique bactérienne pour identifier ces fonctions. Dans un second temps, vous essaierez de comprendre pourquoi cette bactérie n’a pas pu être convertie en symbiote mutualiste fixateur d’azote de M. pudica. Vous rechercherez notamment les fonctions qui sont potentiellement manquantes chez R. solanacearum et qui sont nécessaires à la réalisation du mutualisme en construisant des banques de bactéries complémentées avec des fragments génomiques d’un symbiote fonctionnel de M. pudica. Cette approche sans a priori pourra être complétées par une approche de complémentation avec des gènes candidats sélectionnés sur la base de la comparaison des génomes de symbiotes naturels de M. pudica. Enfin, dans une troisième partie vous utiliserez des approches similaires, complémentation fonctionnelle et génomique comparative, pour comprendre pourquoi la souche GMI1000 ne s’est pas adaptée au melon au cours d’une autre expérience d’évolution de ce pathogène.
Ce projet s’inscrit dans la compréhension des mécanismes évolutifs qui permettent les changements de mode de vie des bactéries le long du continuum parasitisme-commensalisme-mutualisme.
Formations et compétences recherchées :
- Formation recommandée : Master ou équivalent (Bac +5) en microbiologie moléculaire
- Connaissances souhaitées : biologie des interactions plantes-microorganismes
- Aptitudes recherchées : motivation, organisation et rigueur scientifique, intérêt pour l’évolution expérimentale et les interactions plantes-microorganismes
- Modalités pratiques: L’étudiant.e sera co-encadré.e par Delphine Capela (delphine.capela@inrae.fr) et Alice Guidot (alice.guidot@inrae.fr) et sera inscrit.e à l’école doctorale SEVAB (https://ed-sevab.univ-toulouse.fr/as/ed/edsevab/entree.pl) à l’Université de Toulouse.
Formations et compétences recherchées
Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu’à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d’un soutien à la parentalité : CESU garde d’enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d’un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d’activités sportives et culturelles ;
- d’une restauration collective.
